Η κρυστάλλωση είναι φυσικό φαινόμενο που δεν προξενεί καμία αλλαγή στη θρεπτική και βιολογική ιδιότητα του μελιού. Σχετίζεται με τη φυτική προέλευση του μελιού και επηρεάζεται από τη χημική του σύνθεση.Έχουμε δύο ειδών κρυστάλλωση την χονδροκρυστάλλωση (όταν το μέλι χωρίζει στα δύο επάνω ρευστό και κάτω κρυσταλλωμένο) και την λεπτοκρυστάλλωση (κρυσταλλώνει ομοιόμορφα).
Οι παράγοντες που παίζουν σημαντικό ρόλο στην κρυστάλλωση είναι η συγκέντρωση γλυκόζης και του νερού, η σχέση φρουκτόζης-γλυκόζης, η σχέση γλυκόζης-νερού η περιεκτικότητα του δείγματος σε γύρη, η παρουσία του ζαχάρου μελιζιτόζη κ.α.
Ένα κρυσταλλωμένο μέλι δεν είναι χαλασμένο ούτε νοθευμένο. Το κρυσταλλωμένο μέλι ρευστοποιείται εύκολα σε μπεν-μαρί, χωρίς να χάσει καμία από τις βιολογικές και θρεπτικές του ιδιότητες.
